（芋傳媒報導）2014 年地方選舉前，柯文哲曾推出「柯 P 新政：NO.16 公車路線大調整」，強調推行幹線公車，希望增進乘載效率、減輕司機負擔，並稱要以市民利益優先，上任後柯文哲規劃了「八橫、八縱」共十六條幹線公車，結果僅是將原有的路線合併、更名並輔以轉乘優惠，造成乘客更多的不便，不少民眾認為新路線太複雜、難搭乘，甚至爆發積欠司機加班費的糾紛，最後柯文哲也放話要回歸市場機制、收掉不賺錢的公車路線，四年執政只剩殘局。
2014 年 8 月 25 日，柯文哲曾發表「柯 P 新政：NO.16 公車路線大調整」，希望根據旅客交通型態，重新規畫調整公車路線。合併重複路線；取消服務不準時、營運無效率的跨市長途路線等，最重要的是，提高民眾搭乘的服務品質，甚至降低公車票價。
柯文哲上任後，原預定的「八橫、八縱」十六條幹線公車，先於 2017 年 7 月完成了仁愛（原 263）、民生（原 518）、內湖（原 287）、敦化（原 285）、松江新生（原 642）五條幹線公車，接著在 2018 年 4 月再推出忠孝（原 232 副線）、信義（原 588）、和平（原 15）、南京（原 Br9）、民權（原 R32）、中山（原 220）、羅斯福路（原 236）、基隆路（原 650）、重慶幹線（原 601）、復興（原 74）及承德（原 266）共計 11 線幹線公車。
當幹線公車陸續上路，問題也逐漸浮現，聯合報於 2018 年 5 月 14 日的報導中指出，台北市公車幹線之命名有許多缺失，首先是名實不符的問題，如仁愛幹線全長約 17 公里，僅不到 5 公里行駛在仁愛路上，起點和終點也都不在仁愛路上，松江新生幹線和敦化幹線也有一樣的問題。仁愛幹線原本叫「264 五福新村─南港國宅」簡單易懂，改名之後反而讓乘客「霧颯颯」，而且幹線公車多是以全中文方式顯示路線名稱，而不再使用號碼，此舉對於長者和外國遊客更加不便。
原本柯文哲推行幹線公車是為增加搭乘人口提升公車效率，結果在改名、路線微調之後，外國遊客沒有數字車號可以看，新的命名也未能清楚反映路線，更讓在地乘客感到陌生，轉乘也更趨不便。經濟日報 5 月 14 日也報導了幹線公車上路後的數據，2018 年第一季的乘車人數和總里程數，都比前一年同一季減少。
圖片來源：台北市公共運輸處
而柯文哲在推行公車路程縮短、幹線化時，也曾提及此舉有助於降低司機的工作負擔和壓力，結果非但沒有降低司機工作壓力，甚至爆發積欠司機加班費的難堪狀況。
2018 年 6 月 28 日台北市議員周柏雅在個人部落格發表文章，文中指出台北市公車司機的人數減少、工作責任更趨沈重，周柏雅提出一份公共運輸處的數據表示，在 2013 年時，台北共有共有 3867 輛公車、行車人員 4881 人，平均下來 1.26 人/車，到了 2018 年，車輛數減少到 3506 輛、行車人員則剩 4255 人，平均下來每車僅有 1.21 位司機，柯文哲執政四年司機工作的負擔提升。
稍早在 2018 年 6 月 27 日蘋果日報的報導，自從 2016 年底實施一例一休後，公車業者人事成本負擔增加，台北市政府管制票價凍漲，結果最後演變成基層的公車司機吸收，司機遭積欠加班費將近五億元，最後在議會審議通過，加班費將到 11 月時發放。
上任之初柯文哲強調施政應以市民權益優先，按先前報導，柯文哲在「柯 P 新政」曾寫道：「未來公共運輸服務首先應該以捷運為基礎骨幹，再以公車來輔助捷運服務不到的地方，長途路線應盡量以轉乘的方式完成，避免公車路線太長影響營運效率，增加司機的工作負荷。」未料上任之後一例一休讓人事成本變高，推動公車幹線化後整體公車運量卻減少，柯文哲的公共運輸政策兩頭燒，最後柯文哲在 10 月時於受訪時表示，將在選後收掉一些獲利較少、虧錢的公車路線，先前喊著市民權益優先，現在卻翻臉改口強調市場機制，改以營運收益為優先考量。
柯文哲公共運輸政策，原意是為提升效率，增進乘客和司機的權益，結果施行方式不當，司機負擔增加、又造成民眾不便，最終導致運載量減少，柯文哲自己的公共運輸政策搞砸了公共運輸卻不自省，反而想再犧牲市民乘車權益來提升營運收益，或許真如基進黨候選人張舒婷所說的，柯文哲已經成了營運長、把營運收益看得比市民權益還重，但是柯文哲自己將公共運輸搞砸，卻要犧牲市民權益來挽救，1124 市民還願意續聘這位營運長嗎？
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